Berdasarkan strategic planning yang telah dilakukan, untuk preode 2009-2014, maka perumusan program di dasarkan pada isu-isu utama:

Penguatan Kelembagaan (Capacity Building) dengan program-program: Membuat panduan organisasi, panduan manejemen (umum dan keuangan), dan panduan manajemen proyek.  Menyelenggarakan pendidikan, pelatihan dan workshop.  Membangun dan mengembangkan jaringan kerja.
Mengusahakan kelengkapan sarana dan prasarana lembaga.

Penguatan HAM dengan program-program: Melakukan kajian dan penelitian.  Menyebarkan informasi.  Membangun jaringan kerja.  Melakukan bedah buku, loka karya, seminar, talk show dan workshop. Menyelenggarakan halaqah (circle studies) HAM berbasis pesantren. Mengadakan pelatihan da’wah HAM.  Pelatihan pers dan jurnalistik berbasis HAM.  Melakukan advokasi.

Pembangunan Wacana Islam-kritis dengan program-program: Melakukan kajian dan penelitian.  Menyebarkan informasi.  Membangun jaringan kerja. Membangun kelompok masyarakat Islam-kritis.  Melakukan bedah buku, loka karya, seminar, talk show dan workshop.